Dirección Ejecutiva
El SINAES cuenta con una dirección ejecutiva nombrada por el Consejo a tiempo completo durante un período de cinco años. Podrá ser reelegida por períodos iguales y sucesivos en forma indefinida.
La Dirección Ejecutiva deberá tener la categoría de catedrático universitario, o su equivalente que corresponderá determinarlo al Consejo Nacional de Acreditación conforme a la valoración de los atestados del candidato; grado académico de maestría o doctorado; y un mínimo de ocho años de experiencia docente en alguna universidad autorizada en el país, según lo establecido en el artículo 8° de la Ley No.8256.
INDEIN
Por medio de la División de Investigación, Desarrollo e Innovación (INDEIN), se gestionan y se llevan a cabo los proyectos y acciones de innovación, investigación y desarrollo del SINAES, que contribuyan a la innovación y al mejoramiento de la calidad de la educación. Los dos procesos sustantivos de esta división son:
a) Investigación para la innovación y mejoramiento de la calidad de la Educación Superior.
b) Transferencia de conocimiento y desarrollo de capacidades para el mejoramiento de la calidad de la Educación Superior.
DSAG
Esta División está subordinada a la Dirección Ejecutiva, y estará dirigida por un profesional con las condiciones definidas para el cargo. A esta División, le corresponde articular, desarrollar y promover a lo interno del SINAES y en coordinación con el resto de la organización, una gestión innovadora y eficiente apoyada por las tecnologías de la información, la gestión del talento humano y la comunicación.
DEA
Esta División está subordinada a la Dirección Ejecutiva. La División de Evaluación y Acreditación es la encargada de gestionar los procesos de evaluación y acreditación de las carreras, programas e instituciones de Educación Superior y realiza acciones para incrementar el valor público y liderazgo del Sistema Nacional de Acreditación (SINAES).